2016年6月5日，“世界环境日”当天，环保部官网焕然一新。新改版的环保部官网首页增加了“曝光台”板块，公布行政处理、执法信息。环保部机关由原来的16个变为19个，撤销污染防治司和污染物排放总量控制司，新设水环境管理司、土壤环境管理司和大气环境管理司三个司，原来的核安全管理司也更加细化，变为核设施安全监管司、核电安全监管司和辐射源安全监管司。
上述信息是环保部首次正式公开水、大气、土壤“三司”信息，表明“三司”已正式设立。此前，5月31日，中国政府网发布《国务院关于印发土壤污染防治行动计划的通知》，意味着“土十条”正式出台。此前，中国已出台“大气十条”、“水十条”。至此，大气、水、土壤顶层设计治理计划已齐备。
澎湃新闻曾报道，2016年全国两会前夕，网传环保部机构调整，新设水、大气、土壤“三司”，并传出一份三司人事任命名单，但未获官方证实。
3月3日下午，环保部官网发布《关于环境保护部机构调整的回应》称，2015年2月，中央有关部门批复同意环保部机构编制作部分调整，不再保留污染防治司、污染物排放总量控制司，设置水、大气、土壤三个环境管理司。由于机构调整涉及面广，内部职能、运行机制的建立和人员配备完全到位尚需要一个过程，待整个工作完成后，将专题向媒体发布。
6月2日，环保部网站在发布《2016年中国机动车环境管理年报》时，间接确认大气环境管理司司长为刘炳江，除此之外，水、土壤司长还未由官方正式发布。
6月4日，环保部网站发布网站升级调试公告，至6月5日“世界环境日”当天，环保部网站焕然一新，新网站在机构职能一栏已经明确“三司”职能。
环保部机关由原来的16个变为19个
环保部官网显示，水环境管理司负责全国水环境保护的监督管理。拟订和组织实施水体污染防治政策、规划、法律、行政法规、部门规章、标准及规范。拟订水环境功能区划和近岸海域环境功能区划等工作。内设综合处、地表水处、饮用水处、海洋处、水固定源处、农村处6个内设机构。
大气环境管理司负责全国大气、噪声、光、化石能源等污染防治的监督管理，承担大气、噪声、光、化石能源等污染防治和相关环境功能区划等工作。内设综合处、大气处、区域协调处、大气固定源处、机动车处、噪声处6个机构。
土壤环境管理司主要负责全国土壤、固体废物、化学品、重金属等污染防治的监督管理。拟订和组织实施土壤、固体废物、化学品、重金属等污染防治政策、规划、法律、行政法规、部门规章、标准和规范等工作。内设综合处、土壤处、固体处、化学品处4个机构。
2016年3月11日，环保部部长陈吉宁在十二届全国人大四次会议上就“加强生态环境保护”的相关问题回答记者提问时指出，去年2月，中编办给环保部一个批复，撤销污染防治司和总量司，建立水、土、气三个司。
陈吉宁当时表示，这项工作涉及面非常广，不仅仅是两个司变三个司的问题，涉及到一些流程的重构，涉及到与其他改革的衔接，比如环评制度改革的衔接。陈吉宁当时强调：“我们做这样一项改革，主要目的就是要强化以环境质量改善为环保工作的核心，通过水、土、气三个有明确质量要求的环境介质作为我们的核心业务司，强化我们的工作目标怎么样围绕大气、水、土壤环境质量的好转和改善来梳理我们的业务，强化我们的工作要求，提高我们的工作质量。这是在“十三五”时期，我们适应新的形势完成环境质量总体改善这个目标的一个非常重要的改革举措。”
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